일본에선 지속가능한 농업과 농업이 가진 다면적 기능(공익기능)의 발휘를 위해 2011년부터 환경보전형 농업직접지불(환경보전직불)을 시행해 왔다. 환경보전직불은 농업생산에서 발생하는 환경부하를 줄이는 실천에 대해 직불금을 지원하는 사업으로, 다면적기능지불, 중산간지역등직접지불과 함께 일본형 직접지불제의 하나다. 2050 탄소중립 실현을 위해 2021년 발표된 녹색(미도리)식료시스템 전략을 효과적으로 추진하기 위해 2022년 「녹색식료시스템법」이 제정되면서, 환경보전직불은 지구온난화 방지와 동시에 생물다양성 보전에도 효과가 높은 농업생산 활동을 지원한다는 그 취지가 더욱 강화되고 있다.
기본적으로는 단체를 사업대상자로 하고 있다. 복수의 농업인으로 구성된 단체나, 복수의 농업인과 농업인 이외 지역주민 등 지역 사정에 맞춰 구성된 임의조직이 대상이다. 이외에도 농업법인이거나 본인의 경작면적이 마을 전체 경작면적의 2분의 1 이상이 되는 농업인은 시정촌(우리의 시·읍·면)에서 인정할 경우 대상자가 된다.
대상이 되는 실천활동 과정에선 원칙적으로 화학비료나 화학합성농약을 절반 이상 줄여야 한다. 이를 바탕으로 환경부하를 줄이고 지구온난화 방지나 생물다양성 보전을 높이는 영농활동이 수행되면 실천 단가에 따라 직불금을 지원 단체에 교부하게 된다.
전국 공통 실천활동은 다음과 같다. 우선 유기농업의 실천이다. 즉 화학비료나 화학합성농약을 쓰지 않으면 10a당 12만원(메밀 등 잡곡이나 사료작물 제외)을 지급한다. 유기인증을 받을 필요는 없다. 이 경우 토양진단을 받는 것과 동시에, 퇴비를 사용하거나 피복작물 심기, 생멀칭, 초생재배 가운데 하나를 실천하게 되면 탄소 저장 효과가 높은 유기농업을 실시하는 것으로 인정돼 2만원(이하 한화 환산 금액) 상당의 금액이 가산 지급된다. 소바 등 잡곡이나 사료작물에 대한 유기농업 실천은 3만원이 지급된다. 퇴비 사용 실천은 10a당 3만6000원, 피복작물 심기는 6만원, 생멀칭 5만4000원(밀이나 보리 등은 3만3000원), 초생재배는 5만원, 무경운 3만원, 건답 유지 8000원, 가을경운 8000원 등이다.
여기에 지역의 농업 환경을 고려해 지역에서 특별히 정한 실천(지역특인실천)에 대해 도도부현에서 교부단가를 별도로 정해 환경보전직불금을 지급하고 있다. 이와테현에서는 송사리 등 어류 보호 관리에 대해 10a당 3만원을 지급하고 있으며, 시가현에서는 희소어종 보전 논 설치에 대해 10a당 3만원, 과수의 재래초종 초생에 의한 천적이용은 4만원, 논 생태계를 배려한 잡초 관리에 4만원을 지급하고 있다. 또 ‘실천 확대 가산’이라는 항목도 있는데, 새로운 유기농업 실천 농가를 구성원으로 추가하거나 유기농업 재배지도 등을 통해 신규 실천 면적을 늘린 사례에 대해 10a당 4만원을 추가로 지급한다.
2023년 실적을 보면 실시 건수는 전국적으로 3245건, 실시 지자체는 877개, 실시면적은 8만6545ha, 교부금액은 총 480억원인 것으로 나타났다. 지원대상별 실시면적은 지역특인실천 면적이 가장 높은 비율을 차지해 전체의 30%였으며, 퇴비 사용 실천이 26%, 피복작물 심기 18%, 유기농업 실천이 16%인 것으로 나타났다. 2025년도 환경보전직불 예산은 310억원 정도다.