총 2백65억원이 투입된 센터는 유전자원 50만점을 보존할 수 있는 3천3백52평 규모로 로봇시스템에 의해 유전자원이 보존·관리된다.
특히 내구년한 1백년의 중기 저장고(4℃, 상대습도 30%)와 장기 저장고(-18℃, 상대습도 40%), 초저온 보존고(-196℃), DNA 뱅크(-70℃) 등 세계 최고 수준의 시설을 갖추고 있다
앞으로 이 센터는 국가농업유전자원관리를 총괄하고 농업유전자원 종합정보센터로서 국제규약을 이행하며, 아시아 지역 유전자원 허브 뱅크로서 국제유전자원센터의 역할과, 국제유전자원연구소 지정 유전자원 전문가 훈련센터의 역할을 담당한다.
국립농업유전자원센터는 농진청이 농업유전자원의 중요성을 인식하여 국가유전자원 보존 및 연구종합계획을 수립하여 지난 2004년 10월 착공하여 2년 만에 완공하게 된 것이다.