2008년 영농조합법인이 운영한 농민주유소에 법인세 폭탄이 내려졌다. 전국농민회총연맹 산하 지역 농민회가 설립한 20여개 영농조합법인은 주요사업으로 농민주유소를 운영했다. 농기계와 농업용 난방기 사용이 늘어나면서 농민들의 연료비 부담이 증가했기 때문이다. 농민주유소는 농민들에게 싼 값에 면세유를 판매해 지역의 면세유 가격인하를 유도했다. 당연히 농민들의 호응이 높아 사업성과도 좋았다.
그러나 2008년 국세청에서는 농민주유소에 5년치 법인세를 부과했다. 주유소는 영농조합법인의 고유 사업이 아니라는 이유에서다. 자본금이 1억~2억 원에 불과한 농민주유소는 자본금을 초과하는 법인세 폭탄으로 경영의 어려움을 겪게 됐고, 결국 그중 몇몇 주유소는 폐업하고 말았다.
10년이 지난 지금 종자업계가 똑같은 상황에 놓였다. 농민주유소는 소비자가 농민만이 아니라는 것이 국세청이 세금을 추징한 가장 큰 이유였다. 그러나 종자산업은 사실상 재배업이다. 국세청에서는 해외 채종을 도매유통업이라 분류해 법인세를 중과세했으나, 종자업체의 해외 채종은 현실적 여건에서 불가피한 위탁생산임이 자명하다.
종자산업의 핵심은 새로운 종자를 개발하는 것이다. 다시 말해 새로운 원종을 만들어 내는 것이고, 이를 증식해서 농가에 보급하는 과정에서의 부가가치가 크다고 할 수 없다. 그러나 국세청에서는 종자 산업의 전반을 정확히 이해하지 않고 통계청의 분류를 근거로 법인세 폭탄을 투하했다.
이는 향후 우리 종자산업의 근간을 무너뜨리는 계기가 될 것이란 점에서 특히 우려된다. 이로 인해 국내 종자업체 다수가 도산하는 상황이 연출될 것이다. 가뜩이나 IMF 이후 국내 유수 종자 업체가 해외로 넘어가고, 그나마 몇몇 업체가 국내 종자 산업을 지키고 있는 상황을 고려한다면 국세청의 처사는 이해할 수 없다.
농업회사법인 종자업체에 대한 법인세 부과는 결국 종자업계의 R&D 투자를 위축시키고 더불어 종자가격을 상승시켜 그 부담이 고스란히 농민들에게 전가될 것이 불을 보듯 뻔하다. 그래서 국세청의 법인세 부과는 철회 돼야 한다. 이를 위해 농림축산식품부 장관은 즉시 국세청장을 만나 담판을 지어야 한다.